ในจักรวาลได้มีหุ่นยนต์ 2 ตัวต่อสู้กันในกลางอวกาศซึ่งก็คือ ดูโอ และ หุ่นยนต์ชั่วร้ายจากอวกาศ โดยทั้งคู่ตกมายังโลกมนุษย์ในขณะเดียวกันร็อคแมนได้กำลังต่อสู้กับฟอร์เต้ซึ่งในขณะเดียวกันหุ่นทั้ง 2 ได้ตกมายังโลกและแยกย้ายไปละทิศละทางหุ่นที่ชั่วร้ายนั้นถูกดร.ไวลี่ได้ไปและสร้างพลังแห่งความชั่วร้ายส่วนหุ่นอีกตัวหนึ่งนั้นมีพลังพิเศษซึ่งดร.ไลท์ได้ไปเก็บซ่อมในขณะเดียวกันดร.ไวลี่ได้สร้างหุ่นยนต์ที่มีพลังชั่วร้ายอยู่ด้วยร็อคแมนจึงต้องต่อสู้กับหุ่นพลังชั่วร้ายให้จงได้